Tất cả các thành viên WTO đều có thể tham gia vào các hội đồng, ủy ban của WTO, ngoại trừ Cơ quan Phúc thẩm, các Ban Hội thẩm Giải quyết Tranh chấp và các ủy ban đặc thù.

Cấp cao nhất: Hội nghị Bộ trưởng

Cơ quan quyền lực cao nhất của WTO là Hội nghị Bộ trưởng diễn ra ít nhất hai năm một lần. Hội nghị có sự tham gia của tất cả các thành viên WTO. Các thành viên này có thể là một nước hoặc một liên minh thuế quan (chẳng hạn như Cộng đồng châu Âu). Hội nghị Bộ trưởng có thể ra quyết định đối với bất kỳ vấn đề trong các thỏa ước thương mại đa phương của WTO..

Cấp thứ hai: Đại hội đồng

Công việc hàng ngày của WTO được đảm nhiệm bởi 3 cơ quan: Đại hội đồng, Hội đồng Giải quyết Tranh chấp và Hội đồng Rà soát Chính sách Thương mại. Tuy tên gọi khác nhau, nhưng thực tế thành phần của 3 cơ quan đều giống nhau, đều bao gồm đại diện (thường là cấp đại sứ hoặc tương đương) của tất cả các nước thành viên. Điểm khác nhau giữa chúng là chúng được nhóm họp để thực hiện các chức năng khác nhau của WTO.

1. Đại hội đồng là cơ quan ra quyết định cao nhất của WTO tại Geneva, được nhóm họp thường xuyên. Đại hội đồng bao gồm đại diện (thường là cấp đại sứ hoặc tương đương) của tất cả các nước thành viên và có thẩm quyền quyết định nhân danh hội nghị bộ trưởng (vốn chỉ nhóm họp hai năm một lần) đối với tất cả các công việc của WTO.
2. Hội đồng Giải quyết Tranh chấp được nhóm họp để xem xét và phê chuẩn các phán quyết về giải quyết tranh chấp do Ban Hội thẩm hoặc Cơ quan Phúc thẩm đệ trình. Hội đồng bao gồm đại diện của tất cả các nước thành viên (cấp đại sứ hoặc tương đương).
3. Hội đồng Rà soát Chính sách Thương mại được nhóm họp để thực hiện việc rà soát chính sách thương mại của các nước thành viên theo cơ chế rà soát chính sách thương mại. Đối với những thành viên có tiềm lực kinh tế lớn, việc rà soát diễn ra khoảng hai đến ba năm một lần. Đối với những thành viên khác, việc rà soát có thể được tiến hành cách quãng hơn.

Cấp thứ ba: Các Hội đồng Thương mại

Các Hội đồng Thương mại hoạt động dưới quyền của Đại hội đồng. Có ba Hội đồng Thương mại là: Hội đồng Thương mại Hàng hóa, Hội đồng Thương mại Dịch vụ và Hội đồng Các khía cạnh của Quyền Sở hữu Trí tuệ liên quan đến Thương mại. Một hội đồng đảm trách một lĩnh vực riêng. Cũng tương tự như Đại hội đồng, các hội đồng bao gồm đại diện của tất cả các nước thành viên WTO. Bên cạnh ba hội đồng này còn có sáu ủy ban và cơ quan độc lập khác chịu trách nhiệm báo cáo lên Đại hội đồng các vấn đề riêng rẽ như thương mại và phát triển, môi trường, các thỏa thuận thương mại khu vực, và các vấn đề quản lý khác. Đáng chú ý là trong số này có Nhóm Công tác về việc Gia nhập chịu trách nhiệm làm việc với các nước xin gia nhập WTO.

1. Hội đồng Thương mại Hàng hóa chịu trách nhiệm đối với các hoạt động thuộc phạm vi của Hiệp định chung về Thuế quan và Thương mại (GATT), tức là các hoạt động liên quan đến thương mại quốc tế về hàng hóa.
2. Hội đồng Thương mại Dịch vụ chịu trách nhiệm đối với các hoạt động thuộc phạm vi của Hiệp định chung về Thương mại Dịch vụ (GATS), tức là các hoạt động liên quan đến thương mại quốc tế về dịch vụ.
3. Hội đồng Các khía cạnh liên quan đến Thương mại của Quyền Sở hữu Trí tuệ chịu trách nhiệm đối với các hoạt động thuộc phạm vi của Hiệp định về Các khía cạnh liên quan đến Thương mại của Quyền Sở hữu Trí tuệ (TRIPS), cũng như việc phối hợp với các tổ chức quốc tế khác trong lĩnh vực quyền sở hữu trí tuệ.

Cấp thứ tư: Các Ủy ban và Cơ quan

Dưới các hội đồng trên là các ủy ban và cơ quan phụ trách các lĩnh vực chuyên môn riêng biệt.

1. Dưới Hội đồng Thương mại Hàng hóa là 11 ủy ban, 1 nhóm công tác, và 1 ủy ban đặc thù.
2. Dưới Hội đồng Thương mại Dịch vụ là 2 ủy ban, 2 nhóm công tác, và 2 ủy ban đặc thù.
3. Dưới Hội đồng Giải quyết Tranh chấp (cấp thứ 2) là Ban Hội thẩm và Cơ quan Phúc thẩm.

Ngoài ra, do yêu cầu đàm phán của Vòng đàm phán Doha, WTO đã thành lập Ủy ban Đàm phán Thương mại trực thuộc Đại hội đồng để thức đẩy và tạo điều kiện thuận lợi cho đàm phán. Ủy ban này bao gồm nhiều nhóm làm việc liên quan đến các lĩnh vực chuyên môn khác nhau.